Florent Malouda begann seine Spielerkarriere beim Amateurklub ASC Remiré; 1995 wechselte er zum französischen Zweitligisten LB Châteauroux. In Châteauroux' einziger Erstligasaison (1997/98) kam er nur ein einziges Mal zum Einsatz, unterschrieb dort anschließend seinen ersten Profivertrag und etablierte sich dann als Stammspieler in der zweiten Liga, wobei er in 58 Spielen 5 Tore erzielte. Im Jahr 2000 wechselte er zu EA Guingamp, obwohl sich auch andere, weitaus größere Vereine für ihn interessierten. Dort spielte er an der Seite von Didier Drogba und konnte sich mit dem Verein für den UI-Cup qualifizieren.
Nach drei Jahren in Guingamp, in denen er häufig zu überzeugen wusste (92 Erstligapartien, 15 Treffer), wechselte er im Sommer 2003 für 2,5 Millionen Euro zum französischen Meister Olympique Lyon, mit dem er jedes Jahr Meister wurde und die Trophée des Champions gewann. Insgesamt spielte er 231 mal in der französischen Ligue 1 und schoss dabei 40 Tore.
Zur Saison 2007/08 wechselte er für ca. 21 Millionen Euro zum englischen Vizemeister und FA-Cup Sieger FC Chelsea, wo er sich allerdings nie richtig durchsetzen konnte und sich häufig auf der Ersatzbank wiederfindet.
